DNA探针（DNA probe）是最常用的核酸探针，为长度在几十到几百甚至上千碱基对的单链或双链DNA，用特殊示踪剂（如同位素、酶或有色基团）进行标记；在适当的pH值、温度和离子强度下，DNA探针利用分子的变性、复性以及碱基互补配对的高度精确性，能与待测样本中互补的非标记单链DNA或RNA以氢键结合（杂交），形成双链复合物（杂交体）。杂交体的稳定性取决于两条单链核苷酸之间的互补程度。在严格的条件下（高pH值、高温、低离子强度），不完全匹配的杂交体的两链将会解离，而完全匹配的杂交体将保持双链。将未配对结合的探针洗去后，可用放射自显影或酶联反应等检测系统检测杂交反应结果

DNA探针来源：

DNA探针根据其来源分为3种：一种来源于基因组中的基因本身，称为基因组探针（genomic probe），可以是基因的全序列，或者基因上的一段序列；另一种是从相应的基因经转录获得mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNA探针（cDNA probe）；此外，还可在体外人工合成20～50个碱基的与基因序列互补的DNA片段，称为寡核苷酸探针。

DNA探针制备：

基因组DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。要得到一种特异性DNA探针，常常是比较烦琐的。以细菌为例，细菌的基因组大小约为5×106碱基，约含3000个基因。要获得某细菌特异的核酸探针，通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法，即将细菌DNA切成小片段后（如用限制性内切酶做不完全水解）分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库，然后用多种其他菌种的DNA探针来筛选，产生杂交信号的克隆被剔除，最后剩下的不与任何其他细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。

cDNA探针是从相应的基因经转录获得mRNA，再通过逆转录酶的作用得到的探针，不含内含子序列。

在体外通过机器可以合成小片段单链寡核苷酸探针。寡核苷酸探针稳定、特异性高，在非常严格的条件下．用寡核苷酸探针进行的杂交试验能检测单个碱基突变和单个碱基的错配，但寡核苷酸探针短，带有的标记物少，敏感性较低

优点：

①DNA探针多克隆在质粒载体中，制备方法简便；

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